ok ho trovato l'errore:
codice:
import httplib

class Service(object):

    conn = None

    def __init__(self):
        self.conn = httplib.HTTPConnection("www.sito.it")
        
    def readRes(self):
        self.conn.request(method = 'GET', url = '/service/file.php', headers = { 'Content-Type': 'application/json' })
        res = self.conn.getresponse()
        print res.status, res.reason
        
if __name__ == "__main__":
    s = Service()
    s.readRes()
come url iniziale non vanno messe sottodirectory o altro, ma solo l'url principale.
ciao!