Questo è il file .htaccess che uso io con codeigniter, fa una prova
codice:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|static|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
static è la cartella dove metto immagini e file javascript, se tu non hai tale cartella puoi cancellarla dalla regola e lasciare index e robots.