Che tu le metta in 21 file o in uno unico non cambia nulla se sono scritti bene con la sintassi corretta senza ripetizioni (tipo doppi ready etc...) la mi domanda è ti servono? Tu ritieni di si per me è sufficiente, ora non ti resta che fare il debug della pagina e capire perché non funziona correttamente con IE vista la confusione non sarà cosa semplice ma sei partito dal nulla vuoi fermarti proprio ora?