mah visto tutto, io eviterei di far partire il thread da dentro apache.

l'idea di fondo potrebbe essere: faccio uno script bash (anche con php) richiamato da shell a cui passo dei parametri, che so " myjob.php start" o "myjob.php stop" e lo script fa partire o stoppare il thread a seconda del parametro. Per sapere se il 3d è vivo o morto ci possono essere varie tecniche, una simpatica è fargli aprire un oscket di controllo per controllarlo, oppure usando un pid file, oppure leggendo l'elenco dei processi... insomma, dipende.

sul supporto dei thread da parte di php, non mi pare ci sia niente di molto ufficiale, apparte qualcosa nella pecl.