[Java] Usare Bio4j

[Darèios89]

Qualcuno di voi ha mai usato Bio4j? Vorrei confrontare dei nomi di geni che ho in un file xml con i nomi contenuti nel database di Bio4J. Qualcuno mi saprebbe dire come fare? Cioè, devo creare un file java da compilare ed eseguire? Cosa deve essere avviato sul pc?

[Alex'87]

Non conoscevo la libreria ma ad occhio ha una buona documentazione, gli hai già dato un'occhiata?

[Darèios89]

Si ho visto e sto continuando a guardare, ma non sono pratico con le librerie, quindi non riesco a capire come mettere assieme queste cose. Cioè io pensavo di potere creare un file java in cui includere le parti che mi servono, però se per dire da un editor di testo provo a prendere un file java della libreria e a compilare ci sono errori, quindi non ho capito come usare la libreria....e accedere al database...tra l' altro vedo comandi unix, io vorrei fare il tutto su windows...

Cioè se per dire scrivo questo codice:

package com.era7.bioinfo.bio4j;





import com.era7.bioinfo.bio4j.CommonData;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.nodes.*;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.nodes.citation.ArticleNode;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.nodes.citation.SubmissionNode;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.relationships.TaxonParentRel;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.relationships.go.IsAGoRel;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.relationships.protein.ProteinGoRel;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.relationships.protein.ProteinInterproRel;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.relationships.protein.ProteinKeywordRel;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.relationships.uniref.UniRef90MemberRel;
import com.era7.bioinfo.bio4j.model.util.Bio4jManager;
import java.util.Iterator;
import java.util.LinkedList;
import java.util.List;
import org.neo4j.graphdb.Direction;
import org.neo4j.graphdb.Node;
import org.neo4j.graphdb.Relationship;


public class Prova{
	
	public static void main(String [] args)
	{
	}
}

Che è inserito nella cartella principale già come errore ho che non mi torva la prima classe CommonData, il cui file Java è nello stesso path in cui è questo sorgente...ovviamente non compilato.....come è possibile che non viene trovato?

[Alex'87]

Originariamente inviato da Darèios89

package com.era7.bioinfo.bio4j;

Che è inserito nella cartella principale già come errore ho che non mi torva la prima classe CommonData, il cui file Java è nello stesso path in cui è questo sorgente...ovviamente non compilato.....come è possibile che non viene trovato?

Qual è la "cartella principale"?

Tieni conto che scrivere

package com.era7.bioinfo.bio4j;
public class Prova {}

da per scontato che il file Prova.java si trovi al path "cartella"/com/era7/bioinfo/bio4j/

Inoltre, hai aggiunto bio4j al classpath?

[Darèios89]

Si il file Prova.java è dentro la cartella specificata da quel package....ora che ci penso non ho settato il path bio4j.....quello java si. ...non bio4j....non pensavo fosse necessario....ora sono fuori casa. Nel sito è indicato come fare?

[Alex'87]

Originariamente inviato da Darèios89
Si il file Prova.java è dentro la cartella specificata da quel package....ora che ci penso non ho settato il path bio4j.....quello java si. ...non bio4j....non pensavo fosse necessario....ora sono fuori casa. Nel sito è indicato come fare?

Beh, si che è necessario, altrimenti come fa il tuo programmino java a sapere che esiste bio4j?
E come fare è uguale a qualsiasi altra libreria: o fai in modo che il jar di bio4j sia nel classpath che già esiste o quando compili/esegui lo fai con il parametro -classpath PATH/TO/bio4j.jar

[Darèios89]

Grazie mille...provo subito, ma quindi come per Java nelle variabili d' ambiente basta inserire il percorso così?

C:\Users\Dario B\Desktop\Dario\Facoltà informatica\Stage\Bio4j-master\Bio4j-master\jars

Dove in jars c' è il .jar di bio4j.

[Alex'87]

Originariamente inviato da Darèios89
Grazie mille...provo subito, ma quindi come per Java nelle variabili d' ambiente basta inserire il percorso così?

C:\Users\Dario B\Desktop\Dario\Facoltà informatica\Stage\Bio4j-master\Bio4j-master\jars

Dove in jars c' è il .jar di bio4j.

Nì. Settare direttamente una variabile d'ambiente è l'approccio sconsigliato, fa più "danni" che altro (e va fatto su ogni macchina sui cui vuoi far girare l'applicazione). L'ideale è passare il classpath quando compili/esegui usando -cp o -classpath seguito dal path.

[Darèios89]

Ok, scusa ma sono proprio niubbo, allora sono su windows, compilando da terminale io ho questo path:

C:\Users\Dario Gallo\Desktop\Dario\Facoltà informatica\Stage\Bio4j-master\Bio4j-master\src\main\java\com\era7\bioinfo\bio4j

All' interno c' è il mio file Prova.java che ha questi import:

package com.era7.bioinfo.bio4j;



import java.io.*;

import com.era7.bioinfo.bio4j.CommonData;

Domanda...perchè si deve specificare package? L' ho visto tra le cose dei file di bio4J

Però anche così mi dà un errore il compilatore dicendo che non trova la classe.....ti faccio uno screen della situazione da cui si vede l' intero path della cartella, il terminale e il codice.

P.S Non farti ingannare dal Prova.class che è vecchio....attualmente Prova non viene compilato.



http://www66.zippyshare.com/v/80709394/file.html

[Alex'87]

Originariamente inviato da Darèios89
Domanda...perchè si deve specificare package? L' ho visto tra le cose dei file di bio4J

Se fai questa domanda forse dovresti studiarti un po' meglio le basi di Java altrimenti ti trovi bloccato ogni altro minuto...

Comunque quello è il package delle LORO classi. Le TUE classi le metti in un TUO package ovviamente.