Non vorrei sbagliarmi ma secondo me potresti provare con il metodo setOpaque(boolean isOpaque) della classe JComponent quindi anche di JPanel.
In breve dovrebbe bastare utilizzare questo metodo passandogli come parametro "false" per il pannello che vuoi che stia in secondo piano.
Quando ti serve visualizzarlo fai di nuovo setOpaque() con l'unica differenza che gli passi "true".
La sintassi quindi sarebbe pannello2.setOpaque(false);