le chiavi di un array sono per forsa di cose univoche, quindi nel tuo caso potresti fare:

Codice PHP:
$post_sql $data->query($query); 
while(
$post_obj $data->estrai($post_sql)){ 
    
$idPerson $post_obj->idPerson
    
$idSkill $post_obj->idSkill
if(!
array_key_exists($idPerson,$listPeopleSkillsId))
   
$listPeopleSkillsId[$idPerson]=array();

    
$listPeopleSkillsId[$idPerson][] = $idSkill

e ottieni un array di array idPerson => array of skills