Rimane poco chiaro cosa dovremmo dirti/come dovremmo aiutarti noi... ad una questione così generica è difficile darti un consiglio "al volo", specie non sapendo quali sono i software coinvolti.
Dovresti specificare:
- di che software si tratta;
- se prevedono API di qualche genere per interagirci via software;
- quali sono i formati di file coinvolti in tutta la questione;
- che linguaggi conosci ed eventualmente quale hai scelto per attaccare il problema.