Puoi agire in 2 modi diversi:

1) se decidi di continuare col metodo che stai usando ora dovresti considerare il file come una enorme stringa e tagliare i pezzi che ti interessando far vedere (in questo modo però saresti strettamente vincolato alla struttura e se dovessi effettuare delle modifiche al sito dovresti modificare anche la procedura di aggiornamento), dopo salvarti gli estremi della stringa e al momento del salvataggio sostituire i vari pezzi.

Il modo è molto macchinoso ma magari se lo si studia si trova un modo più semplice.
Con l'html5 si possono rendere delle aree della pagina modificabili, magari si riesce a sfruttare a tua vantaggio, sarebbe da studiare.

2) se usi un database allora dovresti rimaneggiare tutto il sito (applicando la compatibilità al php). Ti ci vorrebbe un po di tempo ma puoi guadagneresti di molto in maneggiabilità e comodità di modifiche successive.

Dovresti creare una tabella con la struttura "pagina - punto della pagina - testo da inserire" (più o meno ).

Nella pagina di configurazione all'utente presenti la scelta della pagina e il punto da modificare e con questi dati vai a trovare la riga sulla tabella.

Una volta salvato il nuovo testo (sarebbe facile a questo punto fargli inserire/modificare anche delle immagini) nella tabella basterà ricaricare la pagina "modificata"

In questo modo non avresti problemi con i file (anche perchè con i file dovresti fare particolare attenzione ai diritti su di essi che per esperienza personale danno taaante rogne )


Prima di tutto devi decidere come muoverti e solo DOPO pensare al codice