Se è un vettore creato dinamicamente potresti crearti un altro vettore contenente tutti i valori da tenere e poi eliminarti il vettore iniziale.
Se è un vettore statico puoi farci ben poco,l'unica cosa che potresti fare è valorizzare il campo con un codice che per te identifica un errore.
Oppre in alternativa potresti spostare i "valori duplicati" in fondo all'array...ma di fatto non sono eliminati perchè non c'è modo di eliminare un indice dell'array.

In alternativa potresti usare le liste concatenate semplici che hanno proprio la caratteristicha di poter eliminare fisicamente un determinato Nodo