Prova innanzi tutto a impostare il campo user come chiave unica e se non l'hai fatto inserisci gli apici ai valori che vuoi inserire e quelli adatti per le colonne del database in questo modo:
Codice PHP:
mysql_query( "UPDATE `$table` SET `x`='$x',`y`='$y' WHERE `user`='$user' " ); 
Naturalmente se i valori contenuti nelle variabili $x, $y e $user sono valori numerici non inserire gli apici