Il percorso che viene considerato è quello del file richiesto! Nel senso che se nel browser digiti www.sito.com/index.php tutte le directory si riferiscono alla directory in cui è presente il file index.php. Quindi se nel file index.php hai inserito un file A presente in un'altra cartella e quel file richiama a sua volta un'altro file B all'interno di un'altra cartella ancora, devi esprimere tutte le directory come se fossero richiamate dal file index.php

Esempio:
index.php // root principale
cartella1/A.php // posizione del file A
cartella2/B.php // posizione del file B

// Struttura del file index.php
codice:
<?php
require_once( 'cartella1/A.php' );

...
altro codice
...
?>
// Struttura del file A.php
codice:
<?php
require_once( 'cartella2/B.php' );

...
altro codice
...
?>
nota che nel file a il percorso è riferito al file index.php e non al file a altrimenti il percorso sarebbe stato: ../cartella2/B.php

in questo modo richiamando il file index.php questo a sua volta chiede il file A.php all'interno della catella cartella1 che a sua volta richiede il file B.php all'interno della cartella cartella2 con la directory espressa in base al percorso del file index.php