Se xdebug stesse funzionando, nel moneto in cui avvii il debug appunto con Debug|Debug Project, si apre il browser e l'esecuzuine si ferma immediatamente alla prima riga del primo script (probabilmente index.php), quindi devi tornare nell'ide e fare clic su Debug|Continue

Il fatto che quando effettui il debug non si fermi mi fa pensare che o non stai utilizzando correttamente lo strumento o non è installato bene, sebbene easyphp dovrebbe avere xdebug già attivo. A meno che non hai tolto la spunta nelle options a Stop at first line.

Nel browser, nella barra dell'indirizzo, dovrebbe apparire qualcosa del tipo
http://localhost/index.php?XDEBUG_SE...etbeans-xdebug
in cui netbeans-xdebug è il valore impostato in Tools|Options scheda PHP, scheda Debugging nel campo Session ID

Non mi è chiaro cosa intendi con "Il debug mi funziona quando imposto dei breakpoint sullo script lato client..è il debug lato server che non riesco a fare..". L'ide ti permette sempre di impostare un breakpoint a prescindere che xdebug sia utilizzao o no. E' solo se avvii il debug del progetto e xdebug si mette in funzione che quel break point assume un senso.

Nota: Se hai easyphp 5.3.1 dovresti avere php 5.3.1, comunque