con apici e pedici (tag sup e sub), il testo viene spostato mezzo rigo più in alto o mezzo rigo più in basso, se specifichi un line-height:2em il testo avrà la stessa interlinea.
Se questa interlinea non va bene per te, potrai settare invece su 0 l'interlinea per sub e sup:

codice:
sub, sup { line-height: 0; }
oppure assegnar loro un allineamento in alto o in basso:

codice:
sup { vertical-align: text-top; }
sub { vertical-align: text-bottom; }
così facendo, non avrai sfasamenti nell'interlinea dell'elemento contenitore