ciao,
credo che potresti provare ad usare la exec() o shell_exec(), se non è stata disabilitatà

Codice PHP:
//Diamo per scontato che siamo in ambiente windows; 
//possiamo usare il comando tasklist per una lista dei processi attivi
$output shell_exec("tasklist");
if(
false === strpos$output"mioeseguibile.exe") ){
     echo 
"mioeseguibile.exe non è in esecuzione!";
}else{
     echo 
"mioeseguibile.exe è in esecuzione!";