Ho risolto, grazie!!! il problema era il commento condizionale per come era espresso "prima"! prima infatti avevo impostato solo .gradient nel commento condizionale, ma dato che il css era più specifico "vinceva" quella dichiarazione e quindi rimaneva la proprietà "filter" settata come per IE 7-8, anche per il 9.

Dopo avere dato la stessa specificità alla regola dentro al commento condizionale, IE9 riconosce correttamente il filter:none; e tutto torna a funzionare....