In realtà ti reimposta SOLO tutte le impostazioni legate ad Internet Explorer, le porte di emule immagino tu l'abbia aperte sul Firewall di Windows e sul Firewall del Router.
Se vai nel Firewall di Windows non ce l'hai più?

Detto questo, i blocchi di IE di solito vengono causati da componenti aggiuntivi, in altri casi da file danneggiati.