ini_set() non funziona perché chi gestisce il server può decidere di non fargli applicare le modifiche.

Il ridimensionamento avverrebbe dopo l'upload, nel momento in cui fai l'upload le immagini sono troppo grandi, per questo non partono.
Il ridimensionamento va fatto prima di caricare le immagini, cosa che ovviamente deve fare chi vuole caricarle.