il clear serve per ripristinare il normale flusso della pagina quando si hanno elementi col float, non serve per elementi con posizionamento assoluto, se vuoi che il contenitore li "contenga" dovrai innanzitutto dargli un posizionamento che può essere relativo e poi assegnargli una altezza. Altrimenti lascia da parte i posizionamenti assoluti e ricorri al float per affiancare più box