Che OS hai sul server? Sai, sarebbe abbastanza importante saperlo

se è una Centos, ps aux | grep httpd, altrimenti fai solo ps aux e cerchi un processo che ti sembri apache la prima colonna a sinistra è l'utente utilizzato. Altrimenti basta che ti leggi il file di configurazione di apache dov'è chiaramente indicato utente e gruppo con cui gira.

Solo che del tuo problema non mi torna il passaggio "a volte", non è possibile che "a volte" il file non abbia i permessi di scrittura.... o ce li ha o non ce li ha. Chiarisci prima questo dubbio e poi ritorna ai permessi di scrittura