Puoi usare una variabile globale (visibile in tutte le funzioni):
codice:
<script type="text/javascript>

var focused=false;

var el=document.getElementById("id");
el.onfocus=function(){
   focused=true;
}
el.onblur=function(){
   focused=false;
}

function thirdFunction(){
   if(focused){...}else{...}
}
</script>