Per ritagliare le immagini c'è l'oggetto "Slice" (io uso Photoshop in inglese, non so come si chiama in italiano), lo trovi tenendo premuto sullo strumento "Taglierina" (questo in italiano me lo ricordo come si chiama :P).

Ti permette di fare tutte le selezioni che vuoi sull'immagine (ovviamente proibendoti di sovrapportle) e poi di salvarle tutte in file diversi in un colpo solo.
Così non rischi di avere la stessa porzione di immagine in 2 ritagli diversi.