Se la classe Main è la finestra (estende JFrame o si occupa di creare un JFrame), creando una nuova istanza di tale classe, verrà creata una nuova finestra (che sia visibile o meno dipende dall'implementazione), quindi una finestra completamente diversa da quella iniziale. Quindi sì, il metodo viene eseguito ed ha effetto su questa nuova finestra che, ripeto, può anche non essere visibile perchè dipende da come è costruita la classe Main.


Ciao.