Io sono un autodidatta quindi non so 'precisamente' perchè , ma nel corso della mia esperienza ho capito che usare le % (invece dei pixel) provoca parecchi problemi, io credo che dichiarando <!doctype html> dichiari una pagina scritta in html5 , che magari gestisce le percentuali in modo diverso. (Se metti tutto in px vedrai che non cambia niente).