Devi usare la preg_replace e il modifier m (multiline).
codice:
echo preg_replace('/^(.*)$/m', '

\1</p>', "prima riga\nsecondariga\nterzariga");
output:
codice:

prima riga</p>


secondariga</p>


terzariga</p>
Tra l'altro, mi pare che il problema sia più di PHP che di regex, ti sposto nella sezione appropriata.