Magari WAMP fa qualcosa di strano... per curiosità, non puoi escludere MySQL e gestirtelo da solo?
wamp mi è molto comodo per molte ragioni, anche se da molti non è considerato 'professionale' ... e comunque anche senza quei file il database funziona

per stare piu tranquillo in questi giorni lo reinstallo e faccio un data export/import a caldo