Il problema sorge dal fatto che sia repair table use_frm che myisamchk s'incazzano, sensibilmente, se manca il file indice.
Paradossalmente, infatti, una tabella myisam non viene "capita" se c'è l'frm, bensì se c'è l'indice.

Tornando alla domanda bisogna

- fermare il server
- copiare un indice .myi "neutro" (io uso tipicamente db.myi) su ad esempio user.myi
- myisamchk -r -q user

et voilà