Ciao,
io direi con l'iniziare a risolvere il primo problema..
Ti consiglio di usare la risorsa multidb per configurare il tuo database,
anche se la tua applicazione ne utilizza solo uno, mantenere il codice risulterà più
semplice, vedi qui http://framework.zend.com/manual/1.1...ources.multidb .

Dal tuo codice mi sembra di capire che tu stia già utilizzando la risorsa db ( ->resources->db-> ), creare il metodo _initDb non ti serve a nulla in quanto il lavoro è già fatto dalla risorsa.
Ti consiglio di vedere bene cos'è una risorsa in ZF1, quali sono le risorse disponibile e come creare una risorsa custom, può tornarti davvero utile, specie lavorando utilizzando diversi ambienti (development, production ecc..), vedi link sopra.

Il db impostato come default = true sarà automaticamente disponibile nei 'modelli' (dbTable) che risiedono in application/models/.

Una possibile gestione è di creare una dbTable per ogni tabella ed inserire al suo interno i metodi che ti servono per leggere e scrivere i dati ( su quella tabella ), internamente non sarà necessario recuperare la connessione in quanto sarà già automaticamente disponibile.

Per il problema sul routing forse è meglio che crei un altro post siccome direttamente non c'entra nulla con la configurazione della/e connessioni al db.

Spero di esserti stato di aiuto,

ciao