Ho seguito il consiglio, altezza minima sul body non la posso mettere, appena la metto non funziona più nulla, il footer si mette a casaccio, devo mettere height:100%; sia al body che a html. Poi diciamo che così funziona anche se il footer si mette un po' più in basso(non al limite della pagina in assenza di contenuto) devo praticamente scrollare per trovarlo, ma è la soluzione più vicina al mio problema!
Comunque giusto per capirci il layout del sito è fatto così
div intestazione al 100% sopra
div corpo del sito 1000px
e, in teoria, div footer al 100% fisso in basso.
il div contenitore l'ho messo dopo l'intestazione con dentro il div corpo e il div footer.