Non conosco praticamente sqlite...

Tuttavia a livello teorico potresti fare una cosa del genere

1 connessione a db, con scelta db
N Query a ciclo sul db
1 chiusura db.

Edit: Se il database sqlite gira in locale potresti provare ad usare i comandi standard di php per accedervi...

http://www.php.net/manual/it/function.sqlite-query.php

poi come prima detto non conosco sqlite quindi non potrei aiutarti ulteriormente temo.