Molto probabilmente il tuo programma è impostato in modo sbagliato.
La regola fondamentale delle applicazioni Swing è una ed una soltanto:

il setVisible( true ) della finestra deve essere l'ultima istruzione da eseguire, cioè va eseguita dopo che tutti i componenti sono stati creati, dimensionati, posizionati e aggiunti ai rispettivi contenitori.


Ciao.