Allora, vediamo se ho ben capito:
Codice PHP:
$r mysql_query("select id_member from smf_members") or die(mysql_error());
while (
$row mysql_fetch_array($r)) { 
    
$crypt md5(md5(md5($row['id_member']))); 
    
$r2 mysql_query("insert into mhomeconfig (id_member, campocriptato) values ('"$row['id_member'] . "','" $crypt "')") or die(mysql_error()); 

Quindi in pratica qui succede che seleziono id_member, ciclo tutte le occorrenze trovate, cripto l'id_member in triplo md5, inserisco id_member non criptato nel relativo campo id_member e l'id criptato in campocriptato (che spero tu abbia modificato con il nome corretto).