Le impostazioni vengono salvate su un file xml (user.config) ed il suo percorso cambia ad ogni "release", puoi rendertene conto aprendo la cartella del tuo programma presente in NomeUtente\Appdata\Local.
Qui:
http://msdn.microsoft.com/it-it/libr...ettings_topic3
viene spiegato come viene generato il percorso.
Qui:
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/cc185092.aspx
puoi approfondire e trovare una soluzione.
Ciao