Niente?
Tranquilli ho risolto da solo
In pratica, stravolgendo tutto quello che avevo fatto, ho creata una funzione che crea, mediante il DOM e non innerHTML i link che mostrano le directory.
Questa funzione è richiamata da un ciclo che prende la stringa JSON passata dal server, la cicla e ad ogni valore richiama la suddetta funzione che appende i nuovi valori a quelli già passati.
Funge