Java: linguaggio di programmazione http://en.wikipedia.org/wiki/Java_(programming_language)
Javascript : linguaggio di programmazione http://en.wikipedia.org/wiki/JavaScript_(programming_language)
L'unica cosa che Java e Javascript hanno in comune è il fatto di essere linguaggi di programmazione. Il nome è una sfortunata coincidenza.
jQuery è una libreria scritta in Javascript (http://en.wikipedia.org/wiki/JQuery).