Se usi fpdf io mi sono cimentato con questo banalissimo esempio
Codice PHP:
require('fpdf_sample_class_inc.php');

$pdf=new PDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','',12);

$html='<table border="1">
<tr>
<td width="200" height="30">cell 1</td><td width="200" height="30" bgcolor="#D0D0FF">cell 2</td>
</tr>
<tr>
<td width="200" height="30">cell 3</td><td width="200" height="30">cell 4</td>
</tr>
</table>';

$pdf->WriteHTML($html);
$pdf->Output(); 
In pratica non uso l'istruzione $pdf->Cell ma creo una stringa con tutti i dati e poi uso le istruzioni
$pdf->WriteHTML($html);
$pdf->Output();
inviando l'intera stringa contenente la tabella
Non so se a te questo possa essere utile