Immagino che il ciclo while l'hai fatto all'incirca così:
Codice PHP:
1)while($a = mysql_fetch_assoc($b)) 2)while($this->....  = mysql_fetch_assoc($b)){
 $c[] = ...[$a/$this]
} 
Ho messo nell'esempio 2 ipotesi possibili su come potresti avere il ciclo, comunque dovresti andare a vedere la classe $c a cosa corrisponde, perchè è lì che devi inserire la check box.
Ovvero hai configurato un'altra pagina php per la stampa dei dati, e adesso il ciclo prende quei dati e li stampa, se tu metti la check box insieme ai vari $valore che vengono stampati, allora verrano stampate tante check box. Adesso per far agire ogni checkbox come singola non devi far altro che settare la checkbox con valore 'id', visto che può essercene soltanto uno corrispondente nel database andrà benone.

P.S. questo sistema funziona se fai una stampa unica, non tante stampe separate, inoltre è i lciclo while che crea tutti i dati che vede l'utente, compresa la checkbox.