Ciao, dovresti mettermi la stampa del ciclo while, se il ciclo stampa una classe predefinita, dovresti copiarmi anche la classe (la classe viene settata prima nel php, se ad esempio hai "$C=new Prova[]", vuol dire che stamperà tutti i dati contenuti nella classe prova).
Per quanto riguarda la condizione iniziale, ovveri l'if su 'funzione' immagino che sia un semplice 'invia', che serve solo per vedere quale tasto viene premuto, per poi andare con i vari settaggi dei dati, update, ecc.
Per quanto riguarda la form mi sembra sbagliata, da quello che ho capito leggendo, hai inserito tutta la form nella stampa del ciclo, quindi ogni volta fai apri e chiudi?
Prova così per esempio:
Codice PHP:
?><form method="post" action="me_stesso.php"> <?php
while ($row = mysql_fetch_array($result)) {
    ... disegna la riga corrispondente ad un solo PM, compresi i tasti cancella, rispondi, rispondi con allegato.
}?>
    <input type="submit" value="invia form" />
</form>
e nel ciclo while alleghi a ogni dato solo questo:
Codice PHP:
    <input type="checkbox" name="A[]" value="valore" /> 
Poi per l'ultimo errore che hai segnalato, che sembra quello più grave, mi sembra molto strano che la pagina si comporti in questo modo, molto probabilmente l'errore potrebbe non strare nelle checkbox, ma da qualche altra parte. Se vuoi posta almeno la stampa dei dati con i vari tasti che dò un'occhiata. Poi se vuoi usare una funzione Jquery o Java non saprei, perchè nel tuo caso mi sembra molto meglio i lsemplice php, visto che è tutto generato da un ciclo.