Ciao, ho un problema simile, che nasce al momento di aggiungere un controllo sui dati con uno script di java.
Ma il problema non è java.
Infatti solo quando devee, appare l'allert.
Il problema sta nel andare alla pagina successiva.
Ho provato con action con onsubmit onclick ecc...
Errori diversi, in alcuni casi non cambiava la pagina, ma l'allert funzionava.
Altri casi invece appariva l'allert, ma cambiava comunque pagina; questo sia normale per l'onclick, infatti di solito uso action="paginadoveandrò.php" e onsubmit=validaForm() (direttamente nel form, ma avevo un bottone solo)
In pratica dovrei fare prima un controllo sui dati messi se tutto ok , va ad una pagina a seconda del bottone premuto (come già risolto da questo topic).