Con scope prototype, ogni volta che il bean viene chiesto da qualcuno avrai una nuova istanza. Sempre e comunque.

Con scope request otterrai una nuova istanza del bean ad ogni nuova http request ma se all'interno della stessa request quel bean viene chiesto più volte otterai sempre lo stesso bean (in pratica request vedilo come un "singleton" a livello di http request: stessa http request -> stesso bean, nuova http request -> nuovo bean).

Hai chiaro cos'è una http request?