Centos repository base ha solo la 5.2 di versione di php, il pacchetto di mysql mimpare sua php-mysql. Se vuoi aggiornare la versione ti suggerisco di installare i repository remi ed epel (non ricordo quale dei due contiene le ultime versioni di php per centos ma male non fa averli) e a quel punto yum ti installa la 5.4. Sempre pero devi installare il pacchetto specifico per mysql. Yum list | grep php o yum search mysql, dovresti vedere tra gli altri il pacchetto che ti interessa.