ciao, il problema è proprio del plug-in lightbox che di per se non adatta l'immagine alle dimensioni dello schermo a meno che tu non vada a modificare lo script che genera l'overlay.
la regola che hai messo che costringe il footer a rimaner in fondo viene ignorata, perchè l'immagine è come se fosse creata su un nuovo livello sovrapposta a tutto.
Io personalmente uso prettyPhoto un altro plugin molto bello e che soprattutto ridimensiona l'immagine costringendola alla dimensione dello schermo e quindi evitandoti il problema che hai.
Magari puoi darci un occhiata