Mi rispondo da solo

Bisogna rinominare tutti i files con una sequenza numerica e bisogna farlo partendo dall'uno, es:

0001.jpg
0002.jpg
0003.jpg
...
0012.jpg
...
0345.jpg
...

la stringa era corretta, eccola un po' modificata
codice:
avconv -i '%04d.jpg' -r 10 video.avi
Bisogna fare attenzione all'espressione '%04d.jpg', sta a significare che ci saranno files con 4 caratteri numerici nel nome e con lo zero come padding.

In questo caso con l'opzione '-r 10' in ogni secondo ci saranno 10 fotogrammi.

Rinominare i files con una sequenza numerica ordinata è semplicissimo, io ho usato Thunar selezionandoli tutti ed usando le varie opzioni della funzione 'rinomina'

Molto utile e di facile esecuzione adesso che sono sempre più diffuse macchine fotografiche e videocamere con la funzione di Time Laps.