quello che volevo dire è che dopo il while hai già i 5 valori unici per la ruota, quindi ti basta fare un foreach e stampi i 5 numeri

Codice PHP:
<?php
$citta 
= array("Bari""Cagliari""Firenze""Genova""Milano""Napoli""Palermo""Roma""Torino""Venezia""Nazionale");
$ruota = array(00000);

echo (
"<table border=\"1\">");

for (
$i=0$i<count($citta); $i++){
    echo(
"<tr>");
    echo(
"<td> $citta[$i] </td>");

    
$controllo 0;
    
// Estraggo 5 numeri random e unici
    
while($controllo 5){

       
$estratto1 mt_rand(1,90);
       
$estratto2 mt_rand(1,90);
       
$estratto3 mt_rand(1,90);
       
$estratto4 mt_rand(1,90);
       
$estratto5 mt_rand(1,90);

       
$ruota = array($estratto1,$estratto2,$estratto3,$estratto4,$estratto5);

       
$controllo count(array_unique($ruota));
  
    }
    
// Stampo i numeri estratti
    
foreach($ruota as $estratto){
       echo(
"<td>".$estratto."</td>");
    }
   
// oppure, puoi anche scrivere a posto del foreach
   // echo '<td>'.implode('</td><td>', $ruota).'</td>';
}
echo(
"</table>");
?>