Con bootstrap, intendi la grafica di twitter ?
Quella la metti nel metodo che ti renderizza l'html...tipo nel caso del menu avesti, ad esempio

Codice PHP:
class Menu{
 
   private 
$items;   

   public function 
__construct(){
         
// leggo le voci del menu e le metto in items;
   
}

   public function 
render($position){
       
ob_start();
       echo 
'<div class="subnav"> <ul class="nav nav-pills">';
       foreach(
$this->items as $item){
           echo 
'[*][url="'.$item['link'].'"]'.$item['name'].'[/url]';
       }
       echo 
'[/list]</div>';
       return 
ob_get_clean();
   }