1) Perché vuoi usare script.aculo.us? Esigenze particolari?
2) Su cosa vuoi l'effetto toggle?
devo aggiungere codice javascript?
Se ciò che hai postato è tutto il tuo codice, si

devo aggiungere php?
Dipende

devo dichiarare la varabile "#"?
# non è una variabile

devo fare un ID per ciascun sottogruppo di categorie?
Quale categoria e quale sottogruppo?

devo modificare il css?
Dipende.

è sufficiente richiamare i file ecc...
No



EDIT
Forse sarebbe meglio postare un link, e spieghi su cosa vuoi l'effetto toggle.