Ancora non ci capisco nulla di tutto questo casino postato.

Ma sparando un pò alla cieca, non puoi fare una cosa del genere:

codice:
<html>
<head>
<style>
html,
body {
   margin:0;
   padding:0;
   height:100%;
}
#container {
   min-height:70%; /*imposta l'altezza come vuoi*/
   position:relative;
background-color:yellow;
}
#header {
   padding:10px;
   height:72px;
background-color:green;
}
#body {
   padding:10px;
   padding-bottom:72px;  
}
#footer {
   position:absolute;
   bottom:0;
   width:100%;
   height:72px;  
background-color:red;
}

</style>
</head>
<body>

<div id="container">
   <div id="header"></div>
   <div id="body"></div>
   <div id="footer"></div>
</div>
</body>
</html>
e il resto infili dentro il #body.