Non credo sia proprio inerente a PHP. cmq hai provato a creare altri input con id diversi
Codice PHP:
<input type="text" id="locale" name="locale"/>
<div id="suggerimenti_locale" class="boxlocale"></div>
<script type="text/javascript">new Ajax.Autocompleter("locale", "suggerimenti_locale", "locali.php", {minChars: 1});
<input type="text" id="locale2" name="locale2"/>
<div id="suggerimenti_locale2" class="boxlocale"></div>
<script type="text/javascript">new Ajax.Autocompleter("locale2", "suggerimenti_locale2", "locali2.php", {minChars: 1});
etc...