Prova con One-JAR (http://one-jar.sourceforge.net/).
Puoi anche farlo direttamente da NetBeans (http://wiki.netbeans.org/PackagingADistributableJavaApp).
E' un tema che in passato ha interessato anche me, ma poi non l'ho mai fatto perché non vedo quest'utilità così irrinunciabile, a maggior ragione se hai anche altre risorse (file e cartelle) di I/O che non puoi inglobare in nessun altro jar.
