Inserire tutti i JAR delle librerie dentro al JAR dell'applicazione è l'errore più grosso che si possa fare.
Le librerie sono, appunto, "librerie" e vanno tenute esternamente al JAR dell'applicazione, così da poterle facilmente aggiornare. Oltre ad evitare problemi con le licenze: non tutte le librerie permettono l'inclusione dentro al JAR delle applicazioni altrui (vedi sealed jar).
Concordo con Alex: NetBeans basta saperlo usare e basta usare un briciolo di testa in quello che si fa, come per capire che le librerie vanno tenute separate dall'applicazione.
Ciao.
